Στο πλαίσιο του Π.Μ.Σ., πέραν των διδασκομένων μαθημάτων, κάθε φοιτητής/τρια υποχρεούται να εκπονήσει Μεταπτυχιακή Διπλωματική  Εργασία (Μ.Δ.Ε.), κατά τη διάρκεια του Γ’ εξαμήνου σπουδών, κατόπιν συνεργασίας με τον/την Επιβλέποντα/ουσα Καθηγητή/τρια. Η παρακολούθηση και αξιολόγηση της Μ.Δ.Ε. πραγματοποιείται από τριμελή εξεταστική επιτροπή. Το θέμα της εργασίας, όπως και η επιλογή των μελών της εξεταστικής επιτροπής εγκρίνεται από τη Συνέλευση του Τμήματος με βασικό κριτήριο τη συνάφεια του γνωστικού αντικειμένου των μελών της με το αντικείμενο της έρευνας του θέματος.

Η διαδικασία εκπόνησης της Μ.Δ.Ε. ολοκληρώνεται με τη δημόσια παρουσίασή της ενώπιον των μελών της εξεταστικής επιτροπής αλλά και της ευρύτερης ακαδημαϊκής κοινότητας.

Η εκπόνηση της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας προσφέρει στο φοιτητή/τρια τη δυνατότητα:

1. Να εφαρμόσει στην πράξη τις γνώσεις που απέκτησε κατά τη διάρκεια του προγράμματος
2. Να αναπτύξει ικανότητες έρευνας, κριτικής σκέψης και επιστημονικής τεκμηρίωσης
3. Να συνθέσει μια ολοκληρωμένη, πρωτότυπη και υψηλής ποιότητας ερευνητική εργασία.

Όλες οι Μ.Δ.Ε. και οι συναφείς ερευνητικές δραστηριότητες του Π.Μ.Σ. είναι πλήρως εναρμονισμένες με τις βασικές αρχές Ηθικής και Δεοντολογίας της Έρευνας, όπως αυτές ορίζονται στον Κανονισμό Αρχών και Λειτουργίας της Επιτροπής Ηθικής και Δεοντολογίας της Έρευνας (Ε.Η.Δ.Ε.) του Γ.Π.Α. Ο Κανονισμός Δεοντολογίας της Έρευνας του Π.Μ.Σ. εφαρμόζεται σε όλες τις ερευνητικές δραστηριότητες που διεξάγονται εντός ή εκτός των χώρων του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και τελούν υπό την επιστημονική ευθύνη μελών ΔΕΠ του Ιδρύματος